Halk arasında yaygın olarak kullanılanın aksine “teori” sözcüğü bilimde “ispatlanmamış veya asılsız düşünce” anlamına gelmez. Tam tersine, uzun süreli, çok açılı, çok disiplinli gözlemler ve incelemeler sonucunda elde edilen verilerin “neden” ve “nasıl” o şekilde olduğunu açıklayabilen bilgi bütünleri anlamına gelir. Bilimde bir “yasa/kanun”, doğal bir olguya/fenomene yönelik gözlemdir. Bir şeyin “ne” olduğunu belirlememize yarar: örneğin “bütün cisimler yere düşer”, “bütün canlılar farklılaşır” gibi. Bunlardan ilki basitçe “kütleçekim yasası” olarak bilineni, ikincisi ise basitçe “evrim yasası” olarak bilineni izah eder. Bunlar yasalardır ve Evren’imizin yapısı/dokusu değişmediği müddetçe var olurlar.

Ancak kanunlar bilgi vermek konusunda son derece acizdirler, dolayısıyla bilimsel açıdan birer veri olmaları haricinde pek değerli değildirler. Bilimde değer verilen, bu kanunları ve kanunlardan doğan diğer sonuçları birbirine bağlayarak etrafımızda süregelen olay ve olguların “neden” ve “nasıl” o şekilde meydana geldiğini açıklayan bilgi bütünleridir. İşte bunlara “teori” denir. Örneğin kütleçekim yasasını açıklayan Newton’un Yerçekimi Teorisi, Einstein’ın Görelilik Teorisi (bununla ilgili önemli çıkarımları vardır), Kuantum Birleşik Alanlar Teorisi gibi teoriler vardır. Evrim yasasını açıklayan da birçok bilimsel teori vardır (Dawkins’in Bencil Gen Teorisi, Kızıl Kraliçe Teorisi, Gould’un Sıçramalı Evrim Teorisi, Darwin’in Doğal Seçilim Teorisi ve benzeri); bunlara Modern Sentez’den ötürü bir bütün olarak Evrim Teorisi adını veriyoruz. Bu teoriler, doğada gördüğümüz nesiller boyu gözlenebilen biyolojik değişim yasası olan evrim yasasının neden ve nasıl bu şekilde işlediğini izah eder. Bu teorileri inşa etmek için kanunlardan yola çıkarak hipotezler inşa ederiz; etrafımızda gördüğümüz, birbiriyle ilişkili gibi gözüken olay ve olgular arasındaki ilişkileri sorgularız. Bu sorgulama sürecinde ileri sürülen, sınanmayı bekleyen, bilimsel düşünüşe uygun her sav bir “hipotez”dir. Adı üzerinde, “ön-tez” anlamındadır ve teorilerin inşasında, değişmesinde, geliştirilmesinde, yanlışlanmasında kullanılırlar.

Dolayısıyla hiçbir hipotez ispatlanınca teori, teori daha da ispatlanınca kanun olmaz. Önce etrafımızda kendini tekrar eden olaylar ve olgular, yani kanunlar tespit edilir. Bu kanunların birbirleriyle ilişkileri sorgulanarak hipotezler kurulur ve bu hipotezlerden doğrulananlar (veya tekrarlanan testleri her seferinde başarıyla geçenler) arasında bağlantılar kurularak bu kanunları izah eden açıklamalar geliştirilir, bunlar da teoriler olur. Bu teoriler zaman ve bilimin sınavına tutulur ve bu süreçte bu teoriler de evrimleşirler. İlla bir hiyerarşi kurulacaksa, teoriler açıklama gücü, kapsam, içerik, test edilebilirlik gibi birçok açıdan kanunlardan üstündürler. Öyle ki, bazı kaynakalar kanunları, teorilerin “kısa ve dar bir özeti” olarak nitelerler. Ancak modern bilimde böyle bir hiyerarşiden söz etmeyiz; çünkü gerek yoktur.